第三次忍界大战结束.
晓组织被忍界通缉。
潜藏在暗处的斑在六影会谈之中，吃了石原平次一个大亏，怎能甘心？
于是，晓组织对石原平次的暗杀开始了！
先是晓的财务管理角都对石原平次挂在黑市上人头赏金的贪婪，接着是企图得到七把忍刀而来的鬼鲛。
而此时正值风之国、雷之国、泷之国、草之国、铁之国，五国联合甄选中忍（武士）大比。
各国未成长起来的精英纷纷登场。
水之国在斑的操纵下，明面上也接触风之国，加入了这次的中忍晋级考试。
派出由天道佩恩（弥彦）、小南、照美冥等人组成的强大上忍带队、鬼灯满月、桃地再不斩等杀手混编的下忍班级。
给石原平次的三名弟子：北野叶仓、野原助、泉奈智三忍的晋级之路上，造成了巨大的阻碍！
因此，石原平次不得不利用系统，兑换出强大的咒印一次性注射剂，来帮助三人在战斗之中，解决掉鬼灯满月和桃地再不斩的威胁。
同时暗中接触小南，利用她对斑的提防，进而影响长门对斑的忠心。
灌输大一统理念，只有统一忍界，才能既让所有人体会到战争的痛苦。
连续击退来自晓组织的暗杀，石原平次获得大量任务点数。
成功解锁三核傀儡蓝图。
令有些追上傀儡设计水平的蝎，再度折服。
傀儡代替人力，使得风之国粮食丰收，生存环境大幅改善。
见识到风之国这样变化的其他大国，纷纷派遣间谍，企图夺取傀儡设计图。
连续斩杀几波间谍之后，石原平次终于决定，将单核傀儡生产出后，卖给盟友国。
毕竟这种系统自带的术式，迄今为止，只有蝎一个人能够破解。
千代一族的其他人，都只能仿写，无法创新，更不懂什么意思。
只要在制造傀儡之时，加上一层保护术式，这样即便是傀儡被拆开，里面的术式也会自动销毁。
而就在这个节骨眼上，带土终于袭击木叶忍村。
太子降生！