1999年，新疆库车县(古称龟兹)城北64千米，北纬42°8′，东经83°5′天山南麓群山中发现一天山神秘大峡谷，据村民描述：此谷集人间峡谷之妙，兼天山奇景之长，蕴万古之灵气，融神、奇、险、雄、古、幽为一体，景异物奇，旁边有个千佛洞更是神秘莫测封闭多年不曾被发现，直到某天，维吾尔族青年毛吐地，在上山采草药时无意间摸进大峡谷，当他登上洞窟右侧的半山腰时，突然雷鸣电闪，骤降大雨，在他进退两难之际，有幸发现左侧不远处的峰崖上有一洞窟。为暂避阵雨，他小心翼翼地向洞口靠近，出乎意料的是，当他钻进洞内环视四壁，竟发现这是一个从未听闻过的千佛洞。当时，洞口堆积了不少泥土，显然是被封闭了多年。

　　当地政府高度重视，立即组建考古队进行勘察，各大媒体争相报道：“这是什么洞？里面有什么？是做什么用的？是什么时候有的，天然的还是人为的呢？……”一系列疑问在人们脑中徘徊。

　　黄天不负苦心人，终于在有关专家不断考证后得出了结论：该石窟始建于公元8世纪距今1300多年前的盛唐中期，坐北朝南，窟门偏东37°。南北长4.6米，宽3.5米，面积为16平方米。石窟内除正壁中堂式壁画泥土点滴残缺外，左右侧佛像壁画面“十六观”均保存完好。

　　令人称奇的是，壁画丹青的千佛洞遗址在距离谷口1400米深处，高约35米的崖壁上，就文字记载和绘画艺术而言，在古西域地区至今已发现的300多座佛教石窟中绝无仅有，实属罕见。阿艾石窟由于地处人迹罕至的大峡谷悬崖上，不易攀登，受到人为的破坏程度较轻，相应石窟内佛像壁画仍保留着原始构图的细密，色彩绚丽，形象逼真，端正华贵之特色，其绘图艺术可与同时代的敦煌石窟壁画像媲美

　　由于此地属库车县阿艾乡所辖，故今命名为阿艾石窟。

　　天山库车大峡谷属塔里木河支流的库车河谷，当地的维吾尔族人称之为“克孜利亚”，意为“红色的山崖”。大峡谷近似呈南北弧形走向，开口处稍弯向东南，末端微向东北弯曲，由主谷和七条支谷组成，全长5000多米，谷端至谷口处自然落差200米以上，谷底最宽53米，最窄处0.4米，仅容一人低头弯躯侧身通过。

　　谷侧奇峰嶙峋，争相崛起；峰峦叠嶂，劈地摩天，崖奇石峭，磅礴神奇；神洞秘窟，各蕴其意。谷内蜿蜒曲折，峰回路转；步步有景，举目成趣；泉水叮咚，鸟叫蝉鸣，寒暑不浸，游人称绝。整个峡谷犹如一条尾震天山头，口饮库河流(开口于库车河)，曲身九十九的巨龙劈山而卧，呼风唤雨，神秘莫测。

　　相传唐朝时有12名中原汉僧到西域传经，一路翻山越岭、穿越大漠。历经艰辛来到龟兹，在寻找佛缘圣山时进入大峡谷，进入通天洞。从此，化羽成仙升入天界。这一千佛洞的发现，拉开了神秘大峡谷拥抱游客的序幕。