扎拉布星人事件过去了，全国人民关于石森的大讨论才刚刚开始，有人说石森也是受害者，有人说石森其实也是宇宙人。不管外界怎么说，石森始终风雨不动安如山，对于他而言，没有什么能比消灭奥特曼更让他操心。
过了大概有一个月吧，科特队立马又忙了起来。和曾经一样，科特队的雷达上出现了数量巨大的亮点，我们暂且认为那是不明飞行物。但是科特队的所有成员都难免不想到那次外星文明的企图入侵，巴尔坦星人的攻击。那次攻击之后，日本加装了数量可观的高射炮台，由一群技术高超的人日夜待命，为的就是防止类似情况发生。
很快，岚队员通过天文望远镜的观测结果下来了，那的确是巴尔坦星人的卷土重来。我们感到奇怪，那次巴尔坦星人的攻击不应该让巴尔坦种族灭绝了吗？但是岚队员的严密推测让我们心服口服。岚队员认为，巴尔坦星球分出了几支队伍，分别对宇宙中所有可能生存的星球进行了侦查，地球遭遇的不过是其中一支军队，这一次的卷土重来很有可能是给同类的复仇计划。我们恍然大悟，发现亮点的数量的确比上一次多出不少。井手队员说这次会不会就是全部了呢？
日本进入紧急戒备状态，所有的高射炮齐刷刷的对准了天空，等待着巴尔坦星人的光临。科特队的技术不足以打到那么高的海拔，于是科特队选择了在地面待命，协助地面部队展开部署。很快，雷达侦测到了行动，一个亮点开始往地球前进，所有高射炮开始往肉眼不可见天空高处射击，科特队在地面从雷达上观察亮点的情况，遗憾的是，亮点并没有消失。后来，肉眼可以看见那个亮点的实体了，那是一个红色的火球，火球中央还有一点黑色，想必那黑色就是巴尔坦星人，红色的火球是大气层摩擦产生的现象。随着巨响，火球落地，高射炮失去了作用，在地面上，高射炮的威力是远远不及科特队的科技的。烟雾散去，巴尔坦星人出现了，地面部队和科特队开始了对巴尔坦星人的攻击，所有人都注意到，这次的巴尔坦星人和第一次有一些不一样。
炮火如雨点打在巴尔坦星人的身上，不能伤他分毫，只能起到干扰他向市区前进的步伐。我趁着没人的空隙，变身成了奥特曼。奥特曼落地发出了巨响，但是紧随其后的是另一个巨响。奥特曼回头一看，发现是石森驾驶的类人体也出现了。
地面上的人群在欢呼，只有奥特曼知道，他面前站着的是两个敌人，没有盟友。类人体抢先奥特曼一步和巴尔坦星人战斗了起来，两人势均力敌，石森的流氓打法不允许奥特曼进行插手。突然，巴尔坦星人从手中射出蓝色光弹，将奥特曼类人体击退。奥特曼看准时机，从巴尔坦星人侧面发出了斯派修姆光线，谁知巴尔坦星人打开了他胸前的盔甲，两块反射光板出现了，那光板来头不简单，竟然将斯派修姆光线反射，全部打在了类人体身上。奥特曼见状，只好和巴尔坦星人开始肉搏。
类人体很快站了起来，带着愤怒，战斗变成了三个中立势力的争斗，战场变得十分混乱，地面记者报道着这一切，说这是有史以来最劲爆的画面。三个人的战斗类人体似乎占了下风，应该是斯派修姆光线的影响。最后，奥特曼看准机会，用八分光轮将巴尔坦星人切成了碎片。
硝烟散去，战场上只剩下奥特曼和类人体，奥特曼可以感受到类人体眼睛里发出的寒光，一场人类科技和奥特曼的战斗似乎在所难免。
与此同时，天空上剩余的亮点以极高的速度开始向着地球逼近，高射炮再次将炮口对准了天空，这一次，亮点没有以巴尔坦星人的形式降临，而是选择了以飞船的形式。飞船开始出现在肉眼可见的范围，这一次，高射炮操作员很给力，不少飞船在半空中爆炸，都是被高射炮击落的。
宜搜飞船停在了奥特曼和类人体的中间上空，随着高射炮的一发炮弹打中了飞船，伴随着爆炸，奥特曼和类人体的战斗也爆发了。类人体以极高的速度挥拳打开，奥特曼双手交叉企图挡下攻击，但是类人体力量巨大，奥特曼被击退很远。类人体乘胜追击，一击飞踢向奥特曼踢来，奥特曼一个翻滚躲过。之后就是类人体的一套组合拳，力量之大速度之快，让奥特曼没有还手的时间，只能进行格挡和闪避。
奥特曼和类人体的战斗进行的水深火热，地面部队和飞船的战斗也在持续升温，炮火不停地在奥特曼耳边炸响，爆炸产生的烟雾给奥特曼和类人体的战斗创造了不少的不可控因素，这让奥特曼的还手有了可乘之机。奥特曼借着烟雾，给类人体来了一个过肩摔，类人体没有完全摔倒，而是一个翻滚之后站了起来。类人体一个后空翻，来到奥特曼身后，对奥特曼使用了擒拿，奥特曼很快被类人体控制住了。
此时，类人体研发基地和科特队也注意到了奥特曼和类人体的战斗，觉得这样的战斗实在是荒谬绝伦。于是，科特队联系类人体基地，希望可以停止类人体的使用。基地通过通信装置对类人体里的石森进行了喊话，石森却不予理睬。随着一次次喊话，石森被激怒了，他一把破坏了通信装置，专心投入到了和奥特曼的战斗中来。奥特曼的灯光开始闪烁，类人体却丝毫没有停止的意思。
科特队坐不住了，队长率先带领队员上了科特队载具，对类人体发起了攻击。基地这边也正在积极的想办法处理，类人体在设计时有一个紧急装置，那个装置可以停止石森对类人体的操控，使类人体进入待机状态，但是，系统的启动需要一定的准备时间。科特队的进攻越来越猛烈，高射炮这边的情况开始好转，雷达上亮点的数目正在肉眼可见的减少。
类人体这边一把推出奥特曼，奥特曼差点摔倒，此时的奥特曼已经筋疲力尽，没有丝毫的能力进行还手了。类人体这边已经摆出了经典的十字手势，蓝色的能量开始向着手部汇集，类人体要消灭奥特曼！科特队感到不可思议，基地也一样，通过镜头看着一切的人民大众更是感到难以置信，石森作为一个政府一手打造的英雄，怎么可能做出这种举动！
奥特曼的情况是不可能再承受一次斯派修姆光线了，如果类人体成功，奥特曼将化作灰尘，渣都不剩。就在光线充能完毕，一切都蓄势待发的时候，类人体突然关闭了所有的灯光，手上的蓝色光线慢慢消失，是基地成功关掉了类人体的电源。
石森在驾驶室里，神色由兴奋转为了懊恼，最后化为愤怒，他愤怒的捶打周围的一切，但是无济于事。奥特曼利用最后一点能量，消失在了天空。
天空上巴尔坦的飞船已经被全部消灭，一切都恢复到了平静。战场上，只有偌大的类人体站立在那里，而此时，所有的炮口都对准了他。